ゾイドをモンスター化させた謎の女・エキドナは、次に魔族国を訪ね、ファルコ男爵にアインの殺害を依頼する 。一方アインは、ユーリの姉妹がいると思われる新たな『隠しダンジョン』の情報を求めて、王城の禁書庫に向かう。王族しか使うことのない王城の大図書館の中でも、特に国王と司書の両名から認められなければ中に入ることが出来ないと言われる禁書庫。扉をくぐり、一人そこへ足を踏み入れたアインは、ひとりの少女と出会うのだが……。